Gérard de Roussillon fonde l'abbaye de Vézelay au IXe siècle dans le diocèse d'Autun et y réunit des reliques de nombreux saints dont celles de saint Pierre et saint Paul. C'est très important, les reliques. C'est parce qu'il y a des reliques que s'organisent les pèlerinages et les pèlerinages, ça rapporte. Mais à Vézelay ça ne marchait pas fort et au début du XIe siècle le monastère était en pleine décadence. C'est alors que le bruit courut que le monastère détenait des reliques de Marie-Madeleine. Sainte Marie-Madeleine opéra des miracles. Un bon abbé, l'abbé Geoffroy, fut élu à la tête de l'abbaye en 1037 et le pèlerinage fut lancé.
La question fut posée de savoir comment les reliques de Marie-Madeleine étaient arrivées à Vézelay. Curiosité bien naturelle, mais réponses peu satisfaisantes. On admit l'idée que ce fut Gérard de Roussillon qui aurait organisé le transfert des reliques lors de la fondation de l'abbaye, reliques que l'on serait allé chercher à Saint-Maximin où l'on savait que la sainte avait sa sépulture. Ce qu'il avait fait pour le transfert du corps de saint Lazare de Marseille à Autun, il l'aurait fait pour celui de Marie-Madeleine de Saint-Maximin à Vézelay.
L'évêque d'Autun lança un interdit contre le pèlerinage. On demanda alors l'arbitrage du Pape, Pascal II, qui par une bulle donnée en 1103, cassa l'interdit de l'évêque et invita tous les français à faire le pèlerinage de Vézelay. Le pèlerinage prit alors son essor, les foules affluèrent. C'est là que Saint Bernard, en 1146, le Vendredi Saint, prêcha la deuxième croisade en présence du roi Louis VII. Ce furent les grandes heures de Vézelay.
Cependant, le doute persistait, non sur la sépulture de Marie-Madeleine à Saint-Maximin, mais sur le transfert de ses reliques à Vézelay et sur l'authenticité des reliques qu'on y vénérait. Il fut donc décidé d'examiner ces reliques, ce qui fut fait en 1265. On trouva: « … sous le grand autel, un coffre de métal, carré long, qui renfermait quelques reliques enveloppées dans deux voiles de soie, avec une certaine quantité de cheveux de femme… » et une lettre d'un roi Charles certifiant que « dans ce coffre est renfermé le corps de la bienheureuse Marie Madeleine ». (Acte dressé par Gui de Mello, évêque d'Auxerre et Pierre, évêque de Panéade.)
Saint Louis reconnut officiellement les reliques et se rendit à Vézelay pour leur élévation en 1267.
Malgré tout, le doute persistait toujours. Douze ans plus tard, en 1279, Charles, Prince de Salerne, neveu de Saint Louis, qui était venu à Saint-Maximin en pèlerinage et avait mené une solide enquête, était persuadé que le tombeau de Marie-Madeleine se trouvait dans la crypte où saint Maximin l'avait autrefois inhumée. Il organisa des fouilles qui permirent la découverte de plusieurs sarcophages. Le plus précieux, celui où les scènes de la vie de la sainte étaient sculptées dans le marbre le plus fin, était vide! Mais celui que l'on appelle « le sarcophage de Sidoine » réservait des surprises:
-Tout d'abord, il s'en exhala une odeur merveilleuse: Bernard de la Guionie* nous dit que « Lorsqu'on ouvrit le tombeau, il se répandit une grande odeur de parfums, comme si on eût ouvert un magasin rempli d'essences aromatiques les plus suaves. »
- On découvrit le corps de Marie-Madeleine auquel manquait la mâchoire inférieure (qui fut retrouvée à Saint Jean de Latran), mais de la langue sortait une pousse de fenouil bien vert. Plus étonnant encore, adhérait encore à l'os la tempe un morceau de chair vivante auquel a été donné le nom de « Noli me tangere » (Ne me touche pas ou ne me retiens pas). On y voit la trace des doigts du Christ qui repoussa Marie-Madeleine lorsqu'elle le reconnut après la résurrection et qu'elle se précipita vers lui.
- On trouva également un parchemin qui précisait: « L'an de la nativité du Seigneur 710, le 6ème jour du mois de décembre, sous le règne d'Eudes, très bon roi des français, au temps des ravages de la perfide nation des sarrasins, ce corps de la très sainte et vénérable Marie-Madeleine a été, à cause de la crainte de ladite perfide nation, transféré très secrètement, pendant la nuit, de son sépulcre d'albâtre dans celui-ci qui est de marbre, duquel on a retiré le corps de Sidoine, parce qu'ici il est plus caché. »
- On découvrit ensuite une inscription sur une tablette de bois, bien plus ancienne que la précédente, sur laquelle figurait simplement: « Ici repose le corps de sainte Marie-Madeleine. »
Le pape Boniface VIII reconnut l'authenticité des reliques.